Das Mikrobiom bezeichnet allgemein das Ensemble aller Mikroorganismen, die den Menschen besiedeln. Im engeren Sinne umfasst das Mikrobiom die Gesamtheit aller mikrobiellen Gene (DNA) im menschlichen Organismus, insbesondere alle Darmbakterien (Darmflora), aber auch beispielsweise die Haut, Mund- und Nasenhöhle, Schleimhäute etc. besiedelnden Mikroorganismen. Mikrobiome können das Immunsystem, den Stoffwechsel, die Gefäßalterung, die Hirnfunktionen sowie das Hormonsystem ihres Wirts positiv oder auch negativ beeinflussen.
Die Art ihrer Wirkung richtet sich nach der Zusammensetzung des Mikrobioms sowie nach der Fähigkeit des Organismus, gesundheitsförderliche Mikroorganismen zu tolerieren und Schädlinge abzuwehren. Die genetische Veranlagung, Umweltfaktoren, Medikamente und vor allem die Ernährung beeinflussen die Wechselwirkung zwischen dem Mikrobiom und dem Wirt. Vor allem pflanzliche Nahrungsmittel mit hohem Anteil an Ballaststoffen, sowie Pro- und Präbiotika können das Mikrobiom in seinen schützenden Eigenschaften unterstützen.
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